J'ai regardé un peu les mods qui existent.
Ils ont l'air de modifier les fichiers présents dans le dossier base/material/ui/map sous le nom "map.dds" et "mapX.dds".
En grps, tu reprends ce que tu m'as montré, tu dessines les contours de ton île comme tu le souhaites et tu convertis en .dds (photoshop, gimp, etc...) ainsi qu'en .map et tobj. Tu places ça dans ton archive de la map, avec les même chemins. Ca devrait remplacer l'image GPS.
Quand j'aurais le temps, je regarderais plus en profondeur comment ça fonctionne.
EDIT :
Je viens de faire 2-3 recherches et je suis tombé sur un logiciel de création de carte pour les jeux de rôle. J'ai pas regardé tout le tuto proposé mais ça a l'air plutôt complet. Pour la création de ton ile, je pense que tu peux partir de là :
Cartoria : créez votre carte
Après, si tu n'arrives pas à créer le mod, je veux bien me proposer. Il te restera juste à créer ta carte.